传统的荧光显微镜使用荧光物质来标记细胞中的特定结构，不仅增强了图像与背景之间的对比度，而且因为许多荧光显微镜源使用短波紫外光。当观察到的荧光标本稍厚时，传统的荧光显微镜难以克服。

焦平面外的荧光结构模糊而微弱。原因是大多数生物标本是分层重叠的结构（例如耳蜗基底膜。它实际上是由外毛细胞，各种支持细胞，神经纤维等组成的空间结构），并且焦平面在普通光下变化显微镜。会显示不同的形式。

如果荧光标记的结构以不同的水平分布并重叠，则落射荧光显微镜不仅收集来自焦平面的光，而且来自焦平面上方或下方的散射荧光被物镜接收显微镜的光学分辨率大大降低。

激光共聚焦显微镜使用激光作为光源，使用共轭聚焦原理和装置，并使用计算机对观察对象进行数字图像处理观察，分析和输出。其特征在于通过断层扫描对样本进行扫描和成像，用于非侵入性观察和分析细胞的三维结构。

同时，利用免疫荧光标记和离子荧光标记探针，该技术不仅可以观察固定细胞，组织切片，还可以实时动态观察和检测亚细胞水平的活细胞结构，分子，离子和生命活动。观察如Ca2 +，pH。

膜电位和细胞形态等生理信号的变化已成为形态学，分子细胞生物学，神经科学，药理学，遗传学等领域新一代强大的研究工具，大大地丰富了人们对细胞生命现象的认识。 

激光共聚焦显微镜是一套以激光为光源的观察，分析和输出系统，在传统光学显微镜的基础上采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对观察进行数字图像处理宾语。

主要系统包括激光源，自动显微镜，扫描模块（包括共焦光学通道和针孔，扫描镜，探测器），数字信号处理器，计算机和图像输出设备（显示器，彩色打印机）。

可以通过激光共聚焦显微镜扫描并成像扫描的样品。因此，可以在没有损坏的情况下观察和分析细胞的三维结构。

同时，激光共聚焦显微镜也是动态观察活细胞，多重免疫荧光标记和离子荧光标记的有力工具。准确分析光谱的性质，区分具有高度重叠发射光谱的不同标记信号。

重要的是，对于多色荧光染色，它完全消除了荧光串扰的影响，同时大大地减少了样品荧光的损失。普通光镜不可能实现这些功能。

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