激光共聚焦显微镜可以确定各种样品。包括生物材料，组织（切片），细胞（亚细胞）结构等。样品中的荧光源主要如下：自体荧光，荧光染色，免疫荧光，荧光蛋白，诱导荧光和酶促荧光。

这些荧光素中大多数的激发和发射波长可以在仪器自身软件的染料信息库中找到。观察程序和仪器操作根据实验要求制备样品后，基本操作步骤如下。

打开激光共聚焦显微镜的电源和光源：通常先打开显微镜和激光器，然后启动计算机，然后启动操作软件，设置荧光样品的激发光波长，然后选择相应的滤光片。

为了使光电倍增管（PMT）检测器获得足够的信号结果。使用水银灯的注意事项与普通荧光显微镜相同。设置相应的扫描方式：可视模式。

调整使用的物镜的放大倍数，并在荧光显微镜下找到要检测的细胞。切换到扫描模式，并调整双孔针和激光强度参数以获得清晰的共焦图像。

采集图像：选择合适的图像分辨率，并在样品完全扫描后保存图像结果。关闭仪器：仪器测量完样品后，关闭激光部分，计算机可以继续执行图像和数据处理。

退出整个激光共聚焦显微镜系统。然后，在关闭激光器后，等待其冷却至少10分钟，然后再关闭计算机和主开关。

获得三维图像激光共聚焦显微镜具有细胞“ CT”功能，因此可以获取一系列光学切片图像而不会损坏细胞。通过使用“ Z-Stack”模式可以实现此功能。

打开“ Z-Stack”选项。确定光学切片的位置和层数。启动“开始”以获取3D图像。获取时间序列图像共聚焦显微镜的“时间序列”功能可在实验人员指定的时间内按设置的时间间隔自动获取图像。

只需设置所需的时间间隔和所需的图像数量，然后打开“开始T”功能键即可进行实验。 “时间序列”功能大大降低了实验人员的劳动强度，对于荧光漂白剂回收和钙离子成像等实验非常有用。

注意事项和维护

远离仪器周围的电磁辐射源。环境无振动，无强烈的空气干扰。房间设有遮光系统，以确保荧光样品不会被外部光漂白，环境清洁。控制工作温度为5至25°C。